A avaliação comportamental é feita através da coleta de informações, por meio de observações em ambiente natural e aplicação de instrumentos de mapeamento comportamental, visando identificar os marcos do desenvolvimento nas mais diferentes idades, bem como déficits e excessos comportamentais com suas possíveis causas e reforçadores potenciais.

É a partir da avaliação comportamental que são definidos os objetivos terapêuticos e a recomendação de carga horária para cada criança.

Entre os principais instrumentos utilizados para avaliação estão: 

- Denver: Avaliação de marcos do desenvolvimento voltado para crianças.

- VB Mapp: Avaliação do comportamento verbal; Comportamentos que facilitam o desenvolvimento do comportamento verbal.

- ABBLS: É uma avaliação, guia curricular e um sistema de rastreamento de habilidades para crianças com atraso de linguagem.

- Portage: Avaliação de marcos do desenvolvimento para rastreio de habilidades a serem ensinadas.

- Vineland: Avaliação de habilidades funcionais do indivíduo.

- AFFLS: Avaliação de habilidades funcionais do indivíduo.

- Socially Savvy: Avaliação de habilidades sociais.